El estado de Sonora forma parte del Sistema Federal Sanitario ya que éste es un órgano colegiado consultivo y de coordinación, integrado por la (COFEPRIS) y las autoridades equivalentes u homólogas en las entidades federativas con las que se haya suscrito acuerdo de coordinación, cuyo objeto es organizar y armonizar en toda la república mexicana las acciones de control, vigilancia y fomento sanitario para proteger la salud de la población.
Con fecha del 4 de julio del año 2005, se publicó en el Boletín Oficial del Gobierno del Estado se realizó una actualización de las funciones y estructura con un nuevo nombre de DIRECCIÓN GENERAL DE PROTECCIÓN CONTRA RIESGOS SANITARIOS, en sustitución de la anterior Dirección General de Regulación y Fomento Sanitario.
Lograr una sociedad sana debidamente protegida contra Riesgos Sanitarios.
Planear, organizar, coordinar, dirigir y ejecutar la vigilancia, fomento y control sanitario en establecimientos, industrias, productos, transportes, actividades y servicios en materia de salud ambiental, insumos para la salud, sanidad internacional, publicidad sanitaria, productos y servicios, de acuerdo a los programas de salud y en estricto apego a la Ley General de Salud y demás disposiciones aplicables tanto en la Dirección como en las diferentes Unidades de Control Sanitario en el Estado de Sonora.